Yksityiselämän koettelemuksien myötä Snellman karaistui entistä enemmän nuorison ohjaajaksi. Surutyö pakotti hänet keskittymään entistä syvällisemmin kutsumustöiden hoitamiseen. Tähän toi tilaisuuden säännöllinen luennointi yliopiston historiallis-filosofisessa luentosalissa syksystä 1856 kevääseen 1863. Hän piti luentoja maanantaisin ja torstaisin klo 16.00–17.00 ja tiistaisin ja perjantaisin klo 16.00–17.00. Joinakin lukuvuosina luentoaika oli tunnin myöhempään.76 Kun vertaa Snellmanin tiedekunnalle ilmoittamia luentoja hänen laatimiinsa luentokäsikirjoituksiin, ne eivät ihan vastaa toisiaan.77

Virkaanastujaisesitelmässään tieteiden järjestelmästä Snellmanin esitti 14.5.1856 ohjelmanjulistuksensa yliopiston opettajana. Hänen mukaansa täydellinen tieto lopettaisi ihmiskunnan henkisen elämän; tiede oli elämää, ei kuollut kirjain painotuotteissa, eikä myöskään muistiin painettua sanaa, vaan jatkuvaa hengen työtä, käsittämistä ja systematisointia. Hänen opettamansa tieteiden järjestelmä oli siten tiedettä tieteistä – tieteiden tiedettä. Sen tutkimuskohteena oli tieteiden ykseys, joka edellytti inhimillisen älyn varsinaista työtä kaiken läsnä olevaisen kokoamiseksi yhteenkuuluvaksi kokonaisuudeksi, järjelliseksi maailmanjärjestykseksi.

Tieteiden järjestelmän tutkijalle avautui tässä laaja kenttä, joka lankesi yhteen myös yliopistonopettajan työn kanssa. Oppi tieteiden sisäisestä ykseydestä tarjosi sovelluksen opista akateemisesta opiskelusta. Vaikka hän epäili kykyjään päästä pitkälle tässä laajassa tieteessä, hän lohduttautui sillä, että hän sai muistuttaa akateemista nuorisoa siitä, miten tiedonrakkaus oli tyhjä sana, jos halu ja kyky uhrautuvaan työhön ja ponnisteluun ei todistanut sen todellisuutta. Tähän oli kutsuttu kaikki, jotka omistautuivat tehtävissään isänmaan palvelukseen. Rakkautta isänmaahan ei voinut todistaa pelkillä lämpimillä tunteilla. Nuorena oli osoitettava rakkautensa tiedon ja isänmaan asioihin. Myöhemmin se oli myöhäistä, jos sitä ei ollut ruokittu nuoruusvuosina ja vahvistettu. Snellman totesi, että hänen tehtävänsä ei ole kehottaa heitä tähän lämpimän sydämen vaan esimerkin voimalla.78

Syksyn 1856 avausluentosarjassaan Akateemisesta opiskelusta79 Snellman esitti filosofisen synteesin Kantin, Fichten ja Hegelin käsityksistä. Se oli hänen mukaansa saksalaisen idealismin inspiroima psykologinen tutkimus maailmanhengen toiminnasta sivistysprosessissa: kuinka luonnon sidonnaisuus näkyy historiallisessa kehityksessä ja mikä on hengen, absoluutin, Jumalan rooli tässä järjestyksessä. Selittäessään inhimillisen ja maailmanhengen suhdetta Snellman seurasi Fichten tulkintaa absoluuttisen hengen merkityksestä maailmanhistoriassa eikä Schellingin panteistista hengentulkintaa. Snellman koetti selittää subjektiviteetin luonteen metafyysisten idealistien tapaan, kuten Fichte, Schelling, Hegel ja Kant. Persoonallisinta hänen luentosarjassaan oli, että tiede oli kaiken muun tietämisen kruunu.80 Tärkeintä oli, että hän paalutti tällä luentosarjalla yliopisto-opettajan kutsumuksensa perusteellisesti.

Heti ensimmäisellä luennollaan 15.9. hän lähti liikkeelle yliopiston tehtävien määrittelystä lainaamalla J. J. Fichten mietelmiä: Jokaisen sukupolven tehtävä on kartuttaa vastaanottamansa inhimillisen sivistyksen perintöä ja jättää se kartutettuna jälkipolville. Kun inhimillinen sivistys ylipäätään ilmentää Jumalan neuvoja ihmiskunnalle, intellektuaalinen sivistys eli tiede on tietoa jumalallisesta maailmanjärjestyksestä, asioiden ikuisista laeista ja ihmisyyden omasta, inhimillisen hengen ja sen kehityksen laeista. Yliopiston tehtävä on istuttaa opiskelijoihin kaikki se jumalallinen, joka ihmiskunnassa on koskaan ilmennyt, ainakin säilyttää sen yleisimmät periaatteet ja johtopäätökset ja jättää se turmeltumattomana seuraavalle sukupolvelle. Snellman pyrki osoittamaan, millainen puute tämän velvoitteen täyttämisessä oli, että filosofia, johon tieteellinen ajattelu perustui, oli suljettu pois yliopistollisten oppiaineiden joukosta.

Snellman halusi kutsua kuulijoitaan tähän ajatuksen työhön, jonka kohteena oli inhimillinen tieto kokonaisuudessaan, akateeminen opiskelu. Näin hän sai opastaa heitä hoitamaan oikein sitä kutsumusta, jonka isänmaa heille tarjosi yliopistossa. Hän kiitti sitä onnen suopeutta, joka soi hänelle mahdollisuuden vaikuttaa kaikkeen, mikä oli heille tärkeintä ja kaikkeen, mikä määräsi heidän toimintaansa. Hän olisi onnellinen, jos yksikään ei lähtisi salista ilman lujaa halua toimia jalosti isänmaan ja ihmiskunnan puolesta. Snellman lausui vielä: ”Miten voisin tästä puhua, jollen tietäisi ja tunnustaisi, että minun toimintani täällä on alistuttava  pyrkimysten leppymättömään lakiin ja jollen vähäisimmistäkin toimintani hedelmistä sielustani kiittäisi Häntä, totuuden ja hyvyyden ikuista henkeä, jonka työ myös tämä vähäisen yksilön työ hyvän puolesta on.”

Toisella luennolla hän määritteli tarkemmin yliopiston tehtävän: tietäminen, joka ei ole mielikuvituksen leikkiä vaan jumalallisen luomistyön jatkamista, ”luovutetaan sukupolvelta toiselle kaikilla sivistyksen teillä, vanhempien hoivaamisen myötä, kouluopetuksessa, kirkon opissa, yleisessä yhteiselämässä, ihmisen uutteruuden ja kekseliäisyyden aikaansaannoksia katsellessa, yhteiskunnan instituutioihin tutustuttaessa ja lopulta kirjallisuuden alati kasvavan rikkauden välityksellä”. Tieto oli välitettävä sen korkeimmassa muodossa, joka osoittaa ”lujaa, yhtenäistä oivallusta ja vakaumusta”. Tätä työtä tarvittiin suorittamaan erityinen instituutio, yliopisto. Sivistys ei ollut pelkkää tietoa vaan myös halua ja kykyä toimia sivistyneen ihmisen tavoin sivistyksen etujen puolesta.

Vaikka Snellman lupasi edetä esittelemällä kokemuksen tarjoamia opetuksia ankaran metodisen etenemisen sijaan, hän pohti useiden luentokertojen kuluessa tietämisen prosessin eri tasoja puuduttavan spekulatiivisesti. Hänen tarkoituksenaan oli osoittaa, että sivistyksen prosessi yksittäisessä ihmisessä oli sitä, että hänen tietonsa ulkomaailmasta muuttui tietämiseksi omasta sisimmästään, oman henkensä olemuksesta. Tällä tavalla historias-ta tuli pragmaattista historiaa: ihminen oli historiassa vapaa, jos hän teoissaan lausui julki ja toteutti yleisen, kansakuntansa ja aikansa hengen. Siinä oli hänen järjellinen tehtävänsä, hänen järjellisyytensä ja vapautensa. Se ilmeni historiassa perheenä, lainalaisena yhteiskuntana, valtiona, kansallisuutena, ihmiskuntana.

Snellmanin mukaan järjellinen ajattelu tarkoitti sitä, että yksilö ei ajatellut omien päähänpistojensa vaan annetun järjestyksen mukaan. Kun hän tiesi olemisensa tämän kanssa yhdenmukaiseksi, hän oli saavuttanut todellisen tietoisuuden itsestään, tietoisuuden itsestään järjellisenä henkenä, todellisen itsetietoisuuden. Kun ihmisen tietäminen tavoitti järjen luonnossa ja historias-sa, hän tiesi ”tietävänsä Jumalan”. Tämä absoluuttisen itsetietoisuuden taso on uskonnollista tietämistä: ”Sen kohde on henki Korkeimpana Olentona, absoluuttinen henki, joka julistaa itseään luomakunnassa, luonnossa ja hengessä, mutta jonka manifestaatiota tietona on ainoastaan ihmishenki.”

Snellman ei tarkoittanut tällä teologista tiedettä ylipäänsä, joka sellaisenaan oli lingvistisen, historiallisen ja varsinaisen historiallisen tiedon kooste, vaan ainoastaan dogmatiikkaa. Tästä näkökulmasta Snellman piti tieteen ja tiedemiehen arvoa alentavana seikkana, jos tiede erotettaisiin Jumalaa koskevasta tietoisuudesta ja jätettäisiin epätieteellisen rahvaan asiaksi. Usein kävi niin, että tiedemies pitäytyi tieteessä ilman uskontoa, koska uskonnollisen tiedon alueella ei voinut olla kysymys tieteellisestä ajattelusta. Snellmanin mukaan oli kuitenkin tunnustettava, että tieteestä tuli sanan varsinaisessa merkityksessä jumalatonta, jos sen huipentuma ei ollut uskonnollinen tieto. Teologi ei oppinut paljoakaan kristinuskosta, jos oli opiskellut sitä kirkko- tai dogmihistoriasta tarkastelematta kristinuskon maailmanhistoriallista ilmenemistä yleensä. Snellmanin mukaan uskonnollisessa tietämyksessä ihminen kohottautui katoavaisuuden yläpuolelle ja hänen tietonsa ikuisesti pysyvästä kohotti hänet ajallisesti muuttuvan historian prosessin yläpuolelle. Tieto oli vapauttavana toiminnan yläpuolella – ja tämä tieto itsessään oli uskonnollista tietämistä.

Snellman tähtäsi koko luentosarjallaan siihen, että akateeminen vapaus on oikeutta sanan varsinaisessa merkityksessä tehdä historiaa uudelleen, antaa sille uusi merkitys ja tulkinta, mikä voi muuttaa nykyisen vallitsevan arvon traditioksi. Tätä vaatimusta ei ole nimittäin niillä, jotka tulevat etsimään yliopistosta leipää, suorittamaan tutkintoja mahdollisimman nopeasti. Oikean opiskelijan tuntomerkki on vaatia opetuksen, todistelun, oman oivalluksen ja vakaumuksen vapautta. Siinä on todellinen akateeminen vapaus. Siksi opettajan ei pidä opettaa mitään, missä hän ei ole omassa vakaumuksessaan mukana, koska oppilaan tulee pyrkiä lujan vakaumuksen saavuttamiseen. Snellman toivoi, että opiskelijoiden tehtävän korkea arvostus täyttäisi kuulijoiden rinnat. Järjellisen yhteyden selvittäminen antaa traditiolle uuden olemassaolon; tässä oli ihmiskunnan ja maailmanhistorian kulun suuri salaisuus ylipäänsä, tämä tiedon ja tahdon vapauden salaisuus. Tässä prosessissa tieteellistä tutkimusta harjoittava tutkija saavuttaa vakaumuksensa ja se vie tiedettä uuteen kehitysvaiheeseen. Opinnäytteissä hän kehotti kuulijoitaan osoittamaan vakaumustaan eikä vain opittua tietoa. On esitettävä tiedon tradition järjellinen ykseys eikä itseään ja tietoaan saa haudata poismenneiden joukkoon.

Snellman päätti luentonsa akateemisesta opiskelusta toteamalla, että puhdas tieteellinen intressi saattoi innostaa vain harvoja. Useimmiten akateeminen opiskelu oli väline yhteiskunnalliselle toiminnalle. Opiskelijoita elähdytti silloin isänmaallisuus, ja tiedemiehenkin oli muistettava, että hänen pyrkimyksensä tuli kohottamaan kansallistietoisuutta. Isänmaallisuuden tuli olla vaikuttava motiivi myös akateemisessa opiskelussa. Isänmaallisuus vaati sitä, että jokaisen tuli isänmaan parhaaksi täyttää hänelle uskotut tehtävät. Snellman tahtoi kasvattaa kansallisen tietoisuuden etujoukkoa: ”Älkää ruokkiko itsessänne tai muissa tyhjää isänmaanrakkautta ja sen ilmauksia yhtä tyhjissä sanoissa vaan suosikaa isänmaallisuutta siellä, missä se osoittaa todellisuutensa isänmaan palveluksessa jokaiselle eteen tulevana päivänä.”

76 Historiallis-kielitieteellisen luento-ohjelmat 1856–57, 1857–58, 1858–1859. Historiallis-kielitieteellisen pöytäkirjat Mf 96:33 sekä Konsistorin asiakirjat 1855–1861. Kansio Ed 5. Helsingin yliopiston keskusarkisto.

77 Konsistorille ilmoitettujen ja säilyneiden käsikirjoitusten ajoituksissa on eroja. Vain keväällä 1857 ja syksyllä 1858 ilmoitus ja käsikirjoitus vastaavat toisiaan. Muuten on suuria eroja ilmoitetun ja toteutuneen välillä.

78 ”Tieteiden järjestelmästä, virkaanastujaisluento 14.5.1856. Kootut teokset 13, 258–265.

79 Akateeminen opiskelu, luentosarjan käsikirjoitus syyslukukaudelta 1856. KT 13, 338–452.

80 Jan-Ivar Lindénin kommentaari, SA VII:191.